É um belo templo de três naves, certamente o último de fundação manuelina (1520). Muito curiosa a porta principal, híbrida de elementos manuelinos e renascentistas, e datada, numa cartela, na pilastra do lado direito, de 1530. S. Quintino é um documento da fase final da arquitectura manuelina e um autêntico museu do azulejo, em que figuram padrões únicos. As três naves são de cinco tramos, divididas por colunas cilíndricas, com capitéis decorados de volutas e palmetas que sustentam ábacos quadrados, sobre os quais assentam os grandes arcos redondos, decorados por azulejos de tapete de padrão largo.
Os tectos de cada nave são de madeira e as paredes forradas de alto a baixo com azulejos do séc. XVII, em grandes painéis de tapete, sendo porém o silhar inferior já do século XVIII, com um característico motivo de albarradas. A meio da nave, à esquerda, invulgar púlpito de pedra, quinhentista, que conserva ainda uma interessante decoração pictural com a representação dos evangelistas.
A cabeceira é constituída pela capela-mor e duas capelas colaterais, todas de muito interesse e dotadas de abóbadas de cruzaria com bonitos bocetes.
A do lado da Epístola, dedicada a S. Quintino e revestida de azulejos do séc. XVIII, com cenas do seu martírio, mantém a pintura seiscentista na abóbada. No altar, as boas imagens da Virgem com o menino e o orago, esta datada de 1532.